Zie ook Rb. Zutphen 4 maart 2011, ECLI:NL:RBZUT:2011:BP7067. Zie over de problematiek van vergunningvoorschriften die in strijd zijn met de wet ABRvS 24 januari 2007, ECLI:NL:RVS:2007:AZ6851, AB 2007, 198 m.nt. A.T. Marseille: een vergunningvoorschrift is alleen van rechtswege nietig als het voor een ieder op voorhand duidelijk is dat het niet aan de vergunning mocht worden verbonden.

De flora- en fauna-toestemming
Voordat de Wabo er was, moest de aanvrager van een kapvergunning, indien de kap schadelijk zou zijn voor beschermde flora of fauna, zelf zorgen voor een ontheffing op grond van het inmiddels vervallen art. 75 Flora- en faunawet. Sinds de Wabo is een aparte ontheffing niet nodig; deze kan aanhaken bij de omgevingsvergunning. Op 1 januari 2017 heeft de Wet natuurbescherming de Flora- en faunawet vervangen. De regeling over het aanhaken is grotendeels hetzelfde gebleven, zij het dat nu in de meeste gevallen gedeputeerde staten in plaats van de staatssecretaris van Economische Zaken de verklaring van geen bedenkingen moet afgeven. In het navolgende wordt eerst beschreven hoe het recht vóór 1 januari 2017 was, daarna wordt het huidige recht weergegeven.

Oud recht
Tot 1 januari 2017 was de procedure van het aanhaken van de flora- en faunatoestemming als volgt. Als de aanvrager van een omgevingsvergunning aan de aanvraag het onderdeel 'Handelingen met gevolgen voor beschermde plant- en diersoorten' heeft toegevoegd, zond de gemeente de aanvraag toe aan de Rijksdienst voor Ondernemend Nederland, onderdeel van het ministerie van Economische Zaken, met het verzoek een verklaring van geen bedenkingen als bedoeld in art. 75d Flora- en faunawet en art. 2.27 lid 1 Wabo af te geven (art. 3.11 lid 1 Wabo). In art. 8.2 Regeling omgevingsrecht was (en is nog steeds) geregeld dat bij de aanvraag een activiteitenplan moet worden ingediend dat ingaat op de voorgenomen handelingen en het onderzoek dat is verricht naar de effecten en de mogelijke mitigerende en compenserende maatregelen. Er is sprake van een gedeelde verantwoordelijkheid van aanvrager en gemeente. Op de gemeente rust de verantwoordelijkheid om na te gaan of een aanvraag volledig is. Als de gemeente kan onderbouwen dat in het kader van een project waarvoor een omgevingsvergunning is aangevraagd ook sprake is van een handeling waarvoor een ontheffing krachtens de Flora- en faunawet (thans Wet natuurbescherming) noodzakelijk is, kan zij van de aanvrager een natuurtoets verlangen op basis van art. 4.4 Besluit omgevingsrecht. Als de aanvrager geen gehoor geeft aan het verzoek een natuurtoets in te dienen, kan de aanvraag om een omgevingsvergunning op grond van art. 4:5 Awb buiten behandeling worden gelaten. Als de staatssecretaris van Economische Zaken de verklaring van geen bedenkingen geeft, bepaalt hij welke voorschriften ter bescherming van de flora en fauna aan de omgevingsvergunning worden verbonden. Een exemplaar van de verklaring wordt gevoegd bij ieder exemplaar van de vergunning. Van belang is dat de gemeente duidelijk maakt hoe zal worden gecontroleerd of de aanvraag volledig is. Zie hierover ook Marieke Vos, Nauwelijks ontheffingen Flora- en faunawet via de Wabo, ROmagazine 2011, 5. Met de controle is het overigens slecht gesteld, zo blijkt uit een in maart 2012 uitgevoerd onderzoek. Zie A.M. Schmidt & P.H. Kersten, De Natuurwetgeving binnen het omgevingsrecht. Nieuwe ontwikkelingen en de huidige praktijk, Alterra-rapport nr. 2302, Wageningen 2012.

Op 7 maart 2011 is de eerste ontwerpverklaring van geen bedenkingen afgegeven. De verklaring is gevraagd in verband met de voorgenomen herinrichting in het kader van natuurherstel van het natuurterrein Oostereng in het Renkums Beekdal, waarbij onder meer beplanting zal worden verwijderd en watergangen zullen worden opgeschoond en gedempt, waarvoor gelet op art. 2.1 lid 1 onder b Wabo een omgevingsvergunning noodzakelijk is. De vaste rust- en verblijfplaatsen van de ringslang zullen hierdoor worden verstoord, beschadigd en vernield. De staatssecretaris verklaart in het ontwerpbesluit geen bedenkingen te hebben en geeft daarin aan welke voorschriften ter bescherming van de ringslang en de directe leefomgeving van deze soort aan de omgevingsvergunning moeten worden verbonden. Op 15 juli 2011 is de definitieve verklaring van geen bedenkingen verleend.

Huidig recht
Met ingang van 1 januari 2017 is de Flora- en faunawet vervallen en is het in de meeste gevallen niet langer de staatssecretaris van Economische Zaken die bevoegd is een verklaring van geen bedenkingen af te geven, maar gedeputeerde staten van de provincie waar de handeling plaats zal vinden. Op grond van art. 3.1 lid 2 van de Wet natuurbescherming is het verboden opzettelijk nesten, rustplaatsen en eieren van vogels van soorten als bedoeld in artikel 1 van de Vogelrichtlijn te vernielen of te beschadigen of nesten van vogels weg te nemen. Op grond van het vierde en vijfde lid is het verboden vogels opzettelijk te storen, tenzij de storing niet van wezenlijke invloed is op de staat van instandhouding van de desbetreffende vogelsoort. Als iemand een boom of bomen wil kappen waardoor een verbod genoemd in art. 3.1 Wet natuurbescherming wordt overtreden, moet hij, indien een kapvergunning verplicht is, ook voor wat betreft de voorgenomen handelingen ten aanzien van vogels een aanvraag om omgevingsvergunning indienen, tenzij hij bij gedeputeerde staten een ontheffing als bedoeld in art. 3.3 lid 1 Wet natuurbescherming heeft aangevraagd of deze reeds is verleend. Dit volgt uit art. 2.2aa, onderdeel b, van het Besluit omgevingsrecht. Volgens dit artikel is dan namelijk sprake van een activiteit als bedoeld in art. 2.1 lid 1 onder i Wabo. En daarvoor is een omgevingsvergunning nodig. Uit art. 6.10a Besluit omgevingsrecht volgt dat de omgevingsvergunning niet wordt verleend dan nadat gedeputeerde staten als bedoeld in art. 1.3 lid 1 van de Wet natuurbescherming hebben verklaard dat zij daartegen geen bedenkingen hebben. Echter, in de gevallen genoemd in art. 1.3 lid 1 van het Besluit natuurbescherming is het de minister van Economische Zaken die de verklaring van geen bedenkingen moet afgeven. Hierbij gaat het onder meer om de aanleg van hoofdwegen, hoogspanningsverbindingen met een spanning van ten minste 220 kV en activiteiten van een lid van het Koninklijk Huis. Uit art. 6.10a lid 4 Besluit omgevingsrecht volgt dat de verklaring slechts kan worden gegeven op de gronden, aangegeven in art. 3.3 lid 4 van de Wet natuurbescherming. Art. 2.27 lid 1 Wabo en art. 3.11 lid 1 Wabo zijn van toepassing. In art. 8.2 van de Regeling omgevingsrecht is aangegeven wat bij de aanvraag moet worden vermeld en ingediend. Art. 4.4 Besluit omgevingsrecht blijft van toepassing. Op grond van art. 3.10 lid 1 onderdeel e Wabo is de uniforme openbare voorbereidingsprocedure van toepassing.

Verschillen tussen de uniforme openbare voorbereidingsprocedure en de reguliere voorbereidingsprocedure
In het schema op de volgende bladzijde zijn de belangrijkste verschillen tussen beide procedures weergegeven. De eerst zeven verschillen in het schema zijn ontleend aan L.M. Koenraad, De opmars van de uniforme openbare voorbereidingsprocedure: rechtsbescherming onder druk, Gemeentestem 2011, 64.